Le PAFISEM vise à améliorer la situation socio-économique et alimentaire des zones rurales par l'augmentation de la production des céréales (mil, sorgho, maïs, riz, blé, fonio), des légumineuses (niébé, arachide) et des principales autres cultures (maraîchage, fourrage, arboriculture fruitière) grâce à la production et la diffusion de semences sélectionnées et certifiées aux utilisateurs.
Le projet est basé sur une approche participative, orientée par la demande des paysans et de leurs groupements et associations et par l'identification et le renforcement des capacités d'opérateurs privés (paysans semenciers, pépiniéristes) afin de leur permettre de devenir de véritables professionnels du sous-secteur.
Les activités du projet sont regroupées selon 4 composantes : i) appui à la production de semences certifiées; ii) appui institutionnel; iii) mesures d'accompagnement; et iv) gestion du projet.
Le Service Semencier National (SSN), dont le siège est à Ségou, est l'organe d'exécution du projet. Le directeur du SSN est le coordonnateur du PAFISEM. La direction du projet comprend: i) une division d'appui à la production et à la promotion des semences, ii) une division de suivi-évaluation, et iii) un bureau administratif et financier.