Le projet AFSR s’inscrit dans la logique de retrait du gouvernement des activités en matière de production et de commercialisation de semences sélectionnées au profit du secteur privé et de renforcement de son rôle en tant que régulateur et arbitre du secteur semencier. Il s’inscrit donc dans la logique de développement des filières agricoles prônées par le gouvernement. Le projet AFSR doit lever les contraintes majeures qui pèsent sur le développement de la filière semencière et contribuer durablement à rendre plus accessibles les semences certifiées à la grande majorité des agriculteurs. Il doit contribuer à l’amélioration des conditions de production d’un grand nombre d’agriculteurs et à la lutte contre la pauvreté.
L’objectif principal est l'intensification de l'agriculture et l'amélioration de la sécurité alimentaire dans un but de réduction de la pauvreté. Les semences devront être de qualité, adaptées aux conditions agro-bio-climatiques locales, et produites en quantité adéquate et accessibles aux agriculteurs.